L’intérêt de la Banque pour les opérations commerciales découle du fait de leur rôle dans le renforcement de la coopération arabo-africiane et dans le développement. Pour ce, la Banque a participé au capital de la Banque Africaine de l’Export et de l’Import pour un montant de 10 millions de dollars, et a mis en place un programme de financement des exportations arabes vers les pays africains bénéficiaires de son aide. Le montant initial affecté à ce programme a été 50 millions de dollars. Il a été par la suite porté, sur décision du Conseil des Gouverneurs de la Banque à 100 millions de dollars. Le Conseil a, par ailleurs, autorisé la Banque à gérer totalement of partiellement ce programme ou confier sa gestion à une ou plusieurs instituions. La gestion du programme a été confiée lors de sa création, à la Banque Islamique du Développement puis à sa filiale, la Société Islamique Internationale de Financement du Commerce (International Islamic Trade Finance Corporation – ITFC) depuis février 2008. La BADEA compte procéder à la gestion directe d’une partie du programme du financement des exportations dès l’accomplissement des formalités et procédures y afférentes.

Depuis 1998, la BADEA a financé 21 opérations d'un montant total de 113,9 millions de dollars en faveur des pays suivants: Sénégal, Guinée, Seychelles, Tanzanie, Maurice, Zimbabwe, Kenya, Gambie.